Aichi et ses amis ont gagné le Tournoi National et décident de suivre chacun leur propre voie jusqu'à ce qu'un mystérieux garçon nommé Takuto Tatsunagi apparaisse. Il révèle que les Paladins Royaux, Paladins Sombres, et les chefs Kagero ont été capturés, et que la seule manière pour les Vanguard fighters de libérer Cray soit d'utiliser un nouveau pouvoir, le Limit Break. A cause de la perte des capacités de combat des Paladins Royaux, le deck d'Aichi se change en Gold Paladin deck. Aichi et ses amis doivent maintenant gagner le Vanguard VF Circuit si ils souhaitent libérer Cray et leurs anciens amis et en découvrir plus sur les circonstances de leur enlèvement.